San Luis de Quillota nace un 8 de diciembre de 1919 en una de las salas del Instituto Quillota (hoy Instituto Rafael Ariztía), donde se reúnen un grupo de alumnos y ex alumnos asesorados por el Hermano Louis André Tiron y Julien para sentar las bases de la institución.
El 4 de enero de 1921, la institución pasa a llamarse San Luis FC por decisión unánime de sus integrantes en sesión extraordinaria, en homenaje al Hermano Louis André Tiron y Julien, el cual era trasladado por la Congregación Marista al Perú para hacerse cargo de un establecimiento similar en el Callao.
ÉPOCA AMATEUR
El 11 de Septiembre de 1921 con motivo de la Fundación del Centro de Juventud Unión y Progreso se reorganiza el Club San Luis, para luego inscribirse en la Liga de Fútbol de Quillota el año 1922, donde resultan campeones, ascendiendo a Primera División.
A partir de ese año comienza un rápido ascenso de la institución, coronándose repetidamente Campeón de la Liga de Quillota, transformándose en el equipo más poderoso de la provincia.
Pero San Luis no sólo crece a nivel local, sino a nivel Nacional, porque sus sonados triunfos ante equipos nacionales y extranjeros lo llevan hacia finales de la década del 20 a ser uno de los mejores equipos del país, contando con grandes figuras como los seleccionados chilenos Carlos Hill y Óscar Alfaro e Iván Mayo, este último el primer chileno que triunfa en Argentina, siendo por largos años jugador estrella de Vélez Sarsfield.
Entre los logros más importantes de San Luis en la época amateur se cuentan el triunfo sobre el poderoso Chalaco de El Perú el año 1928 y el triunfo sobre el popular Bolívar de la Paz el año 1930.
El año 1932 San Luis realiza una gira al Perú representando a Chile en Arequipa, Mollendo y Lima, un suceso que llena de orgullo a los quillotanos. El año 1949, debido a su currículum, el San Luis es invitado a participar en la DIVHA (División de honor del fútbol chileno), de la cual se tiene que retirar debido a razones económicas a mediados de 1950.
ÉPOCA PROFESIONAL
El año 1953 es aceptado por la Asociación Central de Fútbol (actual ANFP) para integrar la Segunda División del fútbol chileno, coronándose dos años más tarde campeón y ascendiendo por primera vez a la Primera División del fútbol profesional.
El año 1957 realiza la mejor campaña de toda su historia, peleando hasta las últimas fechas el campeonato y logrando finalmente el tercer lugar. Lamentablemente a poco tiempo de comenzar el campeonato de 1958 y luego de una maquinación realizada por los equipos comprometidos por el descenso, la Asociación Central de Fútbol, decreta el descenso de San Luis a la segunda división, al restarle 13 puntos por la participación del jugador Juan José Negri, quien no estampó su firma en la ficha de ins- cripción a comienzo de la temporada 1957 en la ACF.
Pero San Luis no se rinde y vuelve de inmediato a Primera División, logrando el Campeonato de Ascenso 1958 en una temporada brillante. Desde el 1959 al año 1967 el equipo canario permanece en Primera División, logrando jornadas gloriosas e incluso épicas, como cuando en el último partido de la temporada 1962 se salva del descenso al ganar a Colo Colo 5×3, luego de ir perdiendo 3×0.
El año 1967 desciende a la Segunda División, permaneciendo 13 temporadas en ella, hasta que el año 1980, con una generación brillante encabezada por Patricio Yáñez (primer jugador de ascenso convocado a una Selección Chilena), Uruguay Graffigna, Freddy Bahamondes y Víctor Cabrera entre otros, logra el Campeonato de ascenso de 1980, año en el que también se logra la Copa Polla Gol.
San Luis juega el año 1981 en Primera División, pero cae nuevamente al ascenso debido a que ese año por reestructuración del campeonato descienden cuatro equipos. En 1983 San Luis vuelve a la División máxima al obtener el Vicecampeonato, permaneciendo en primera cuatro años hasta 1987, año en que baja nuevamente a segunda división.
El año 1990 desciende a Tercera División, permaneciendo largos 13 años en el futbol no rentado, donde finalmente consigue su ascenso el 2003 de la mano del joven Humberto Suazo, quien años más tarde se convertiría en elemento clave de la clasificación de Chile al mundial de Sudáfrica 2010.
El año 2006 se constituye como Sociedad Anónima Deportiva Profesional, teniendo como primer presidente a Pedro Rojas.
El 2009, de la mano del Director Técnico Diego Osella, se logra el ascenso a Primera División, pero nuevamente se cae a la Primera B.
El 2015, y luego de varios intentos fallidos, San Luis de Quillota logra un histórico puntaje en la Primera B y asciende merecidamente a la división de honor del fútbol nacional. Tres temporadas consecutivas en Primera División más el estar cerca de clasificar a torneos internacionales y un proyecto enfocado en lo social ha sido lo más destacado de los últimos años.
Hoy en día el Club participa de la Primera B del Fútbol Chileno, el equivalente a la segunda división.
Actualmente Iván Cisternas Tapia es el presidente de San Luis de Quillota SADP, cargo que asumió el mes de marzo del 2022.
Desde sus inicios el club San Luis de Quillota ha sido representado con una mascota característica, EL CANARIO, esto debido a su intenso color amarillo y sus singulares ojos negros que lo identifican.
Esta mascota ha tomado fuerza con los años, siendo el club reconocido en muchos lados por sus nombres de pila tales como ‘’El Canario’’ o ‘’Los Canarios’’.